El programa de Doctorado en Ciencias Biológicas área Botánica es el único Programa en esta área en el país. Desde su origen (Oct. 1992) ha estado acreditado por distintas agencias a cargo de este proceso, primero CONICYT, Fundación Andes y luego por la CONAP; Adicionalmente, nuestro Programa de Doctorado se ha visto beneficiado con la adjudicación de 3 proyectos Mecesup (UCO0214, UCO0708 y UCO9906) y un proyecto de la Fundación Andes (C-14055-7), los cuales han permitido reforzar las áreas de investigación vigentes (sistemática, ecología-fisiológica, biotecnología), mejorar la infraestructura (centro de equipamiento para el estudio de la eco-fisiología de la fotosíntesis y habilitación e instrumentación para un laboratorio de sistemática molecular), el perfeccionamiento de académicos jóvenes y la realización de estadías cortas de investigación de nuestros estudiantes en el extranjero. Este conjunto de acciones, ha consolidado a este Programa a nivel nacional. Recientemente, y en el marco del proyecto Mecesup UCO0708 (2009-2011), se han establecido nuevos convenios de colaboración científica y académica con universidades extranjeras, y a partir del año 2009 se dio inicio formal a su internacionalización.