El Departamento de Zoología de la Facultad de Ciencias Naturales y Oceanográficas de la Universidad de Concepción, se formó a partir del Laboratorio de Zoología Agrícola, creado por el Dr. Jorge N. Artigas en 1955 en la Facultad de Agronomía, y a partir de la creación del Instituto de Biología, de orientación especialmente médica.

En 1955 el Dr. André Hulot de la UNESCO, inicia en el Instituto de Biología, un Departamento tendiente a estudiar peces y problemas relacionados con el mar. El Dr. Ottmar Wilhelm, Director del Instituto de Biología, había reunido una pequeña colección de peces de la Isla de Pascua, que incorporó al material depositado por el Dr. Hulot y el Dr. Artigas al departamento.

En 1958, bajo la rectoría de don David Stitchkin se innovó en la estructura universitaria con el propósito de incrementar y mejorar la enseñanza de las ciencias naturales y las matemáticas. Esta innovación se tradujo en la creación del Instituto Central de Biología, en septiembre de 1958 pero efectivamente funcional desde el año 1959. Junto a este nuevo desarrollo organizacional nacieron los Departamentos de Biología Celular, Botánica y de Zoología. Varios expertos extranjeros fueron contratados para ayudar a la estructuración definitiva de los Departamentos, a la vez que se comenzó con la contratación de personal docente del país.

En 1981 los Institutos Centrales desaparecen y en esta instancia se fusionan los Institutos de Biología con Ciencias

Médicos-Biológicas, en la Facultad de Ciencias Biológicas y de Recursos Naturales de la cual pasó a depender el Departamento de Zoología. A partir de 1993, la continuación de la idea original del Instituto Central de Biología se continuó con la Facultad de Ciencias Naturales y Oceanográficas, integrada definitivamente por los departamentos de Botánica, Oceanografía y Zoología.

En la actualidad el Departamento de Zoología cuenta con 16 académicos con formación de postgrado y 5 personas que forman parte del personal administrativo y de servicios, que prestan labores de apoyo en sus respectivas especialidades técnicas